El Museo se estructura a partir de ejes temáticos vinculados a la cultura y actividades tradicionales de Cantabria con el propósito de desarrollar una línea didáctica esencialmente de naturaleza etnográfica.

Sin embargo, no se puede olvidar la colección perteneciente al capitán Velarde que se expone en uno de los espacios, con piezas singulares como "La probanza de Hidalguía" sellada en Flandes en 1652, y el sillón frailero blasonado con los escudos de armas de los Velarde y Ceballos del S. XVII.

El resto de las colecciones del museo está compuesto por objetos de distinta cronología y de variada procedencia, elaborados fundamentalmente en madera.