Las Plantas
El visitante tiene la oportunidad de adentrarse en el seno de las aguas del Cantábrico, a través de los acuarios donde conviven especies representativas de este mar. Tras acercarse al ambiente del primer laboratorio permanente dedicado al estudio del mar, se explica y describe la diversidad de entornos y especies marinas del Cantábrico. De este modo el espacio expositivo queda claramente estructurado en tres espacios:
- Fauna y flora marina viva
- Estación Marítima de Zoología y Botánica Experimentales
- Biodiversidad, habitats y sistemas ecológicos
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- PLANTA 0
- PLANTA BAJA
- PLANTA 1
- PLANTA 2
1. Fauna y Flora marina viva
Los acuarios representan distintos entornos naturales submarinos, desde la orilla, con el movimiento de las mareas, hasta los fondos de la plataforma a 100 metros de profundidad, sumándose un total de 20 acuarios que alojan más de un millón de litros de agua de mar..

2. La Biología
Nombre con el que se conocía localmente a la Estación Marítima de Zoología y Botánica Experimentales (1886-1914) fundada y dirigida por Augusto González de Linares hasta su muerte en 1904. Los instrumentos científicos, materiales de trabajo y la documentación mostrados, son fiel reflejo de la actividad científica a finales del siglo XIX y del XX.

3. Sala Augusto G. Linares
Las técnicas modernas de investigación y el conocimiento adquirido permiten mostrar la gran diversidad de la vida submarina del Cantábrico. El montaje expositivo refleja las características ambientales y las especies presentes, así como los sistemas biológicos que constituyen y como se organizan, mostrando la importancia e interés de su protección y conservación.

La entrada al museo ofrece una visión de la variedad de sus fondos, al destacar en el patio central los esqueletos de cetáceos, instrumentos de navegación y el modelo de una fragata; además congrega la primera atención al público.
- 4.- Recepción
- 5.- Presentación
- 6.- Aula taller
- 7.- Tienda-Librería ISLA DE MOGRO
- 8.- Sala polivalente (NAOS)
4. Recepción
En este espacio se recrea una formación de encinar costero, con sus principales especies vegetales:
Especie principal: Encina (Quercus ilex ilex) Especies acompañantes: Laurel (Laurus nobilis), Madroño (Arbutus unedo), Labiérnago (Phillyrea angustifolia), Aladierno (Rhamnus alaternus).
El encinar es el bosque dominante de gran parte de la Península Ibérica. Sin embargo, en Cantabria solo se encuentran en zonas que responden a una característica clara: de una forma u otra, son zonas secas.
Presentes en las zonas de clima más seco de Cantabria como son el Valle de Liébana, los cañones del Ebro y los páramos del sur regional, también los podemos encontrar en la costa, (Pechón (Val de San Vicente), el monte Buciero en Santoña, en Castro Urdiales o en Laredo), zonas con una tasa de precipitaciones elevadas pero que debido a sus características rocosas, el agua se filtra rápidamente creando un efecto de sequía a nivel del suelo, comparable con la que en las otras zonas ocasionaba la falta de precipitaciones.

5. Presentación
Aquí se representa un ejemplo de Rebollar: Especie principal: Rebollo (Quercus pyrenaica) Especies acompañantes: Retama o Escoba (Genista florida), Codeso (Adenocarpus complicatus) y Brecina (Calluna vulgaris).
Los robles denominados Rebollos (Quercus pyrenaica), muy frecuentes en el centro y oeste de la Península Ibérica, se presentan en Cantabria en la vertiente norte de la Cordillera, generalmente asociados a laderas con orientación sur y principalmente sobre suelos ácidos. Su presencia está circunscrita casi exclusivamente al Valle de Liébana y a Valderredible, donde encuentran climas más secos y diferenciándose de la presencia de otros robles, como la Cagiga (Quercus robur) del bosque atlántico, por su menor tolerancia a la humedad.

6. Aula taller
En este espacio se recrea un alcornocal, con sus principales especies acompañantes: Especie principal: alcornoque (Quercus suber) Especies acompañantes: Salvia o Jara de estepa (Cistus salvifolius), Serbal común (Sorbus domestica) y Endrino (Prunus spinosa).
El alcornocal, como el encinar, es un bosque típico de zonas mediterráneas, a pesar de lo cual en Cantabria, de clima atlántico, contamos con buenos ejemplos refugiados en el Valle de Liébana, testigos de tiempos pasados de climas secos que propiciaron el apogeo de la especie, y que permanece en la zona como consecuencia de la presencia de un suelo muy pobre y una humedad muy reducida, dada la escasa cantidad de lluvia que cae en esa zona a lo largo del año. Comparte con el encinar la necesidad de sequía, pero se diferencia principalmente en que el alcornocal se encuentra ligado a un sustrato silíceo.
De hojas muy semejantes a las de la encina, el alcornoque se diferencia por presentar una corteza muy gruesa de la que se extrae el corcho, motivo por el que este tipo de bosques han sido sometidos a explotación durante siglos por parte del hombre.

7. Tienda-Librería ISLA DE MOGRO
Especies principales: Roble "cagiga" (Quercus robur), el Fresno (Fraxinus excelsior), Haya (Fagus sylvatica) y Abedul (Betula alba) Especies acompañantes: Acebo (Ilex aquifolium), Tejo (taxus baccata), Serbal de cazadores (Sorbus aucuparia), Arándanos (Vaccinium myrtilus) y Brezos (Erica vagans y Daboecia cantabrica).
Es el bosque típico de nuestra región. Las buenas condiciones climáticas permiten a estos bosques crecer durante la primavera y el verano y cambiar las hojas, ya agotadas, en otoño para echar otras nuevas al año siguiente. Es por esto que en invierno presentan sus troncos desnudos, atenuando su actividad fisiológica y ahorrando una energía que será necesaria para la siguiente producción de brotes y frutos. Esta estrategia energética es válida siempre y cuando la estación estival no dañe sus hojas como consecuencia de la sequía.
Estos requerimientos climáticos hacen presente al bosque atlántico en Cantabria desde las partes más bajas de los valles hasta los 1.700 metros en las montañas, produciéndose un cambio en su composición específica a lo largo de la sucesión altitudinal.
En las zonas más bajas domina el tipo de Roble denominado Cagiga y el Fresno, para dejar paso a las Hayas y los Abedules a medida que se asciende por las laderas. Son bosques con muchos tipos de árboles y arbustos distintos, así podemos encontrar, en las zonas con suelos más ricos y profundos frutales silvestres, como cerezos, endrinos, majuelos, perales o incluso manzanos. En los Hayedos, donde la sombra dificulta la supervivencia de otras especies arbóreas, si es posible encontrar Arándanos y Brezos como sustrato arbustivo. Y a medida que se gana en altitud, árboles de gran importancia para la fauna en otoño e invierno como Serbales, Acebos y Tejos.

8. Sala polivalente (NAOS)
Especies principales: Aliso (Alnus glutinosa), Fresno (Fraxinus excelsior) y Sauces (principalmente Salix fragilis y Salix alba) Especies acompañantes: Avellano (Corylus avellana) y Serbal de cazadores (Sorbus aucuparia).
A pesar de ser un tipo de bosque que queda incluido dentro del bosque atlántico, se quiere destacar aquí sus características por su gran importancia ecológica en nuestra región.
Los principales bosques de ribera de Cantabria están formados por Alisos, Fresnos y diferentes especies de Sauces, y se asientan sobre suelos muy húmedos donde otras especies propias de la zona no son capaces de asentarse. En su entorno se encuentran también Serbales y formaciones importantes de Avellanos. La elevada exigencia hídrica de estas especies hace que estos bosques, generalmente estén asociados a los cauces fluviales. Sus raíces protegen las orillas y proporcionan cobijo a muchos pequeños animales. Producen una sombra sobre el agua que la protege de fuertes cambios de temperatura generando un ambiente más estable y propicio para la fauna. Cuando la anchura del río no es grande, el bosque de ribera forma lo que se denomina bosque de galería.
Los bosques de ribera se presentan en Cantabria fundamentalmente en los tramos medios y bajos de los río, estando ausentes a elevaciones superiores a los 1.000 m.

9. Pescadores y pesquerías
Dedicada a las gentes de la mar relacionadas con la pesca y el marisqueo, desde las primeras comunidades que se enfrentaron al medio marino y sus recursos. El oficio, los barcos, las peculiares formas de vida, indumentaria, creencias y organización social, así como las modalidades de venta e industria conservera complementan el panorama.
- El oficio de la pesca, instrumentos, artes y embarcaciones
- Formas de vida tradicional
- Técnicas de conservación y comercialización

10. El Cantábrico y la mar en la historia
La actividad marítima ha sido, por lo menos, desde hace dos mil años, importante factor, tanto de articulación espacial como de dinamización económica de este entorno geográfico. De sus puertos salieron innumerables barcos y hombres de mar hacia todos los horizontes del planeta, siendo ejes del control del territorio y enclaves mercantiles.
La organización de los puertos, su defensa, el comercio y la guerra sobre la mar, los barcos y las expediciones científicas ilustradas constituyen algunos de los aspectos que se explican en esta sala.
- Puertos en la historia y cabotaje
- Barcos y mares lejanos
- Guerra, corso y piratería
- Comercio, gremios e instituciones
- La ilustración. Expedición Malaspina y Bustamante
- Buques y puertos

11. Deportes náuticos
Se analiza y muestra la evolución de las embarcaciones tradicionales de pesca hasta las modernas y tecnológicas usadas actualmente en las regatas de remo y vela.

12. Vanguardia tecnológica
La construcción e industria naval, el dominio de los más idóneos procedimientos de navegación y la penetración en el mundo submarino, han sido los instrumentos que hicieron y hacen posible al hombre adentrarse en el hostil medio marino y salir airoso de la aventura.
- La evolución y tipología de los buques
- Sistemas de Navegación
- Penetración Submarina

14. Terraza
Forma una atalaya privilegiada sobre el entorno natural y humano de la bahía de Santander, siendo una extensión de su concepto y misión museológica: naturaleza, hombre y tecnología.
Constituye uno de los espacios del museo donde desarrollar diferentes actividades formativas, lúdicas y divulgadoras.
